Nejrozsáhlejší část přístupná dnes veřejnosti tvoří kasematy, podzemní prostory budované od konce 17. do počátku 19. století, sloužící původně jako chráněné zásobárny a úkryty posádky. Některé jejich chodby jsou vyhloubeny přímo ve skále, jiné jsou vyzděny do mocných kamenných kleneb. Celková délka přístupných chodeb přesahuje 300 metrů a na různých místech se otevírají do komor s výhledem na Vltavu nebo do vnitřního prostoru bastionu. Specifický charakter prostorům dává kombinace vojenské strohosti a dramatické skryté polohy, na jednom místě jste desítky metrů pod parkem, pod korzujícími návštěvníky a věžemi baziliky, v naprosté tichosti.
Komentované prohlídky vyšehradského podzemí pořádá správa národní kulturní památky, jsou dostupné v češtině i angličtině. Vstup je možný pouze s průvodcem a je nutná předchozí rezervace. Kombinace návštěvy podzemí s prohlídkou areálu, hřbitova a baziliky z Vyšehradu dělá jedno z nejbohatších historických míst Prahy přístupných v rámci jednoho odpoledne.